Desde sus inicios en 1974, la Facultad de Ciencias Agrarias se concibe como una institución universitaria de Enseñanza Superior cuya principal misión es la generación del conocimiento científico y la formación de recursos humanos con la aptitud y actitud científica, tecnológica y humanística suficientes para promover y sustentar el desarrollo armónico del sector agroproductivo y de los espacios naturales y artificiales integrados con las motivaciones, costumbres y tradiciones socioculturales provinciales, regionales y nacionales. Esta Facultad está comprometida en la producción de conocimientos científicos y desarrollos tecnológicos que favorezcan el crecimiento armónico del conjunto social. Además, está dispuesta a formar profesionales críticos, reflexivos, creativos e integrales, capaces de insertarse y ayudar a la inserción de su pueblo en el competitivo y complejo mundo globalizado.
La Facultad de Ciencias Agrarias inició sus actividades como Departamento de Ciencias Agrarias en el año 1974 con la Carrera de Ingeniería Agronómica y en el año 1983 se transformó en Facultad.
En el año 1994 se creó la Tecnicatura Universitaria en Parques y Jardines y en el año 2004 la carrera de Ingeniería de Paisajes.
En el año 2014 se creó la Tecnicatura Universitaria en Procesamiento Agroalimentario, con sede en la ciudad de Andalgalá. El proyecto persigue capacitar recursos humanos idóneos para que puedan realizar la transformación de los productos agropecuarios de la región en productos y subproductos elaborados que incorporen valor agregado y amplíen las oportunidades de comercialización en mercados locales, nacionales e internacionales.
En el año 2015 comenzó a dictarse la Tecnicatura Universitaria en Parques y Jardines en la ciudad de El Alto. De esta manera El Alto se suma ahora a las distintas localidades y departamentos del interior provincial que tendrán la posibilidad de acceder a la educación superior a través del Plan de Territorialización que impulsa la UNCa.
El área de posgrado se inició en 1994 con la Maestría en Desarrollo de Zonas Áridas y Semiáridas en convenio entre las Universidades de Tucumán, Salta, Jujuy, La Rioja, Catamarca y Santiago del Estero y posteriormente se crearon las carreras de Especialización en Docencia Universitaria de Disciplinas Tecnológicas en convenio con la Universidad de Las Villas de Cuba que se continuó con la Maestría y el reciente Doctorado en Docencia Universitaria de Disciplinas Tecnológicas. Al mismo tiempo que se iniciaron los estudios de posgrado en la Especialización en Docencia Universitaria de Disciplinas Tecnológicas se inició la Maestría en Biotecnología tambien en convenio con Cuba y posteriormente la Maestría en Agricultura Sustentable.
